J’ai rencontré un problème récemment. J’avais beau modifier la variable SSLProtocol dans n’importe quel fichier de /etc/apache2/sites-enabled/, ce n’étais jamais pris en compte.
En fait, en bas de la configuration de chaque vhost, Let’s Encrypt avait rajouté la ligne suivante :
Include /etc/letsencrypt/options-ssl-apache.conf
Il fallait donc modifier le SSLProtocol directement dans ce fichier.